飲食店を経営している法人です。令和元年10月から消費税率が10%になる予定とのことですが、令和1年9月30日までに予約を受けたお客さんが令和1年10月1日以後に来店し、食事された場合も10%の消費税の対象になるのでしょうか。

外食サービスとして10%の税率の適用対象となるのは、施行日(令和1年10月1日)以後に国内において事業者が行う課税資産の譲渡等とされています。
質問についてですが、予約の日が施行日前であっても利用日が施行日以後になるときは10%の税率が適用されることになります。