当社はウォーターサーバーで使用する水を販売しておりますが、軽減税率の対象となるのでしょうか。

軽減税率の対象となるのは「飲食料品の譲渡」です。
人が飲食するウォーターサーバーで使用する水であれば軽減税率の対象となります。