当社の代表取締役は病気の為2ヶ月間入院することとなり、取締役会にてこの間の役員報酬を減額することを決議しました。当社は既に当事業年度開始から半年を過ぎておりますが、この場合でも「定期同額給与」に該当するでしょうか?

該当します。役員報酬を改定したうえで「定期同額給与」に該当する為の条件の中に「当該国内法人の役員の職制上の地位の変更、その役員の職務の内容の重大な変更その他これらに類するやむをえない事情(臨時改定事由)により係る定期給与の額の改定」という項目があり、ご質問の事例の場合、この臨時改定事由に当てはまります。