3月決算の法人です。平成28年3月に倒産防止共済に1年分前納しました。平成29年3月に引落される金額を減額するため届出を提出しましたが間に合わず、前納時の金額が引き落とされました。この場合どうなりますか。

倒産防止共済の掛け金は措置法第66条の11 特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に該当し、負担金の損金算入時期は、法人が当該負担金を現実に支払った日(財務大臣の指定前に支払ったものについては、その指定のあった日)を含む事業年度となるため、3月に引落された金額は全額損金となります。
しかし租税特別措置法関係通達66の11-3 中小企業倒産防止共済事業の前払掛金の規定により、1年を超える金額を前納した場合は、納付した事業年度分に該当する金額のみが損金算入されますのでご注意ください。