金券ショップで購入した印紙は消費税の課税の対象となりますが、商品券も同様に金券ショップで購入した場合に課税の対象になるのでしょうか。

金券ショップで購入した印紙については課税の対象となりますが、商品券については非課税となります。
ただし、商品券やプリペイドカードを得意先などに配布するのでなく自らが使用するのであれば使用した時に仕入税額控除の対象になります。