車で通勤する社員の交通費を支給したいと思います。その場合の源泉税の計算方法はどうなりますか。

通勤する距離によって非課税交通費の金額が決まっております。その金額を超えた部分については課税対象となりますので、社会保険料控除後の金額に加えて源泉税を算出してください。
非課税交通費の限度額についてはコチラ(国税庁のページ)を参考になさってください。