被保険者は社長で契約者と保険受取人が法人である長期平準保険を契約いたしましたが、通常の保険料のほかに保険契約時の医師の審査特別条件付保険特約の割増保険料も支払っております。この割増保険料部分は損金で計上してもよいのでしょうか?

損金で計上できます。但し、割増保険料部分が解約返戻金に回されないことが条件となります(保険会社で特約保険料に係る責任準備金を積んでいないこと)