自社工場を建設しております。大規模な工場建設のため長期にわたる工事となりますが、手付金や部分的に引き渡しを受けた工事代金の支払いについて消費税の 取り扱いはどのようになりますか。

消費税法においては、建設仮勘定に計上されている金額であっても、原則として物の引渡しや役務の提供があった日の課税期間において課税仕入れに対する税額の控除を行うことになります。
例えば、手付金の内容が設計料に係る役務の提供や資材の購入等の場合の課税仕入れについては、その課税仕入れを行った日の属する課税期間において仕入税額控除を行うことになります。
但し、建設仮勘定として経理した課税仕入れについて、物の引渡しや役務の提供又は一部が完成したことにより引渡しを受けた部分をその都度課税仕入れとしないで、工事の目的物のすべての引渡しを受けた日の課税期間における課税仕入れとして処理する方法も認められます。
(消法30、消基通11-3-1、11-3-6)