母親が病気で長期間入院中です。いままで私の同居老親等として所得控除を受けていたのですが、今後の取り扱いはどうなるのでしょうか?

お母様が病気の治療のため入院していることにより別居している場合は、その期間がたとえば1年以上といった長期にわたるような場合であっても、生活の本拠はあくまでご自宅と認められますので「同居」に該当するものとして同居老親として扶養控除を受けることができます。