校舎耐震改築工事事業のため私学の学校法人が寄附金募集しており、当社は日本私立学校振興・共済事業団をとおして当学校へ寄付を行う予定です。 法人税法上の取扱いはどうなりますか?

この寄附金は受配者指定寄附金制度の要件を満たしていることから、国等に対する寄附金及び指定寄附金に該当し、法人税法上、支出額の全額が損金に算入されます。
日本私立学校振興・共済事業団が取り扱う受配者指定寄附金制度は、、私立学校の教育研究の発展に寄与するために、事業団が企業等から寄附金を受け入れ、これを寄付者が指定する学校法人へ配布する事業です。
事業団が取り扱う受配者指定寄附金の要件としては、(1)~(6)の全てを満たす必要があります。
(1) 広く一般に募集され、次のいずれの要件をも満たし、公益性の観点から問題がないこと。
① 寄付者が当該寄付により特別な利益を受けていないこと。
② 寄付者が税制上の不当な軽減を企図したものではないこと。
③ 寄付者の子弟等の入学に関するものでないこと。
(2) 教育の振興、その他公益の増進に寄与するための支出で、緊急を要するものに充てられることが確実であること。
(3) 税制上の優遇措置を必要としない者からの寄付金ではないこと。
(4) すでに事業が終了している事業に充てる寄付金でないこと。
(5) 原則として、一口の寄付金額が、2,000 円以上であること。
(6) 受配者指定寄附金の対象となる寄付事業等に掲げる事業のための寄付金であること。
(6)の対象となる寄付事業の範囲として「敷地、校舎その他附属設備の取得費 」とありますので、御社の寄付は目的また他の(1)から(5)の要件にもあてはまることから受配者指定寄附金の要件を満たしております。