新築住宅を20年ローンで購入しました。100㎡ある床面積中20㎡は事業用として使用しますが、この場合の住宅借入金等特別控除の取扱いはどうなりますか?

借入期間10年以上で、100㎡の2分の1以上が居住用ですので、住宅借入金等特別控除の適用となります。
床面積については、新築又は取得をした住宅の床面積が50㎡以上であり、床面積の2分の1以上の部分が専ら自己の居住の用に供していれば、住宅借入金等特別控除の適用となります。
この場合の床面積の判定は事業用も含めた面積で行いますが、住宅借入金等の年末残高の計算は、住宅の取得のための住宅借入金等の年末残高の合計額に、取得した家屋の床面積のうち自己の居住用部分に供している割合でもって居住用部分の住宅借入金等の年末残高の合計額を計算します。
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