支払調書作成の為、個人の外注先にマイナンバーの提出を求めましたが提出を拒否されてしまった場合、どうすればよいでしょうか?

支払調書等の法定調書にはマイナンバーの記載が義務となっていますが、これが無いために税務署が書類を受理しないということはありません。
しかし、法定調書にマイナンバーを記載することは義務であることを必ず伝え、それでも提出されなかった場合には提供を求めた経過等を記録、保存し、
単なる義務違反でないことを明確にしておいたほうが無難です。