所得拡大税制の適用にあたり、給与等支給額から控除する「他の者から支払いを受けた金額」には 受動喫煙防止対策助成金のように労働環境の整備に対して支給される助成金は含まれるのでしょうか。

給与等支給額から控除する助成金は「給与等に充てることを目的に労働者の雇入れ人数に応じて政府等から支給される助成金の額」とされています。
よって労働環境整備に対するもので、給与等に充てることを目的としてないものについては控除する金額に含まれません。