従業員の住民税を特別徴収していますが、退職する場合どのような点に気を付ければよろしいですか。

残りの住民税は一括徴収して納付する方法、新しい勤務先で継続して特別徴収する方法、普通徴収に切替える方法があります。従業員の方に確認の上、3つの方法から選んでください。
どの方法の場合でも会社は「給与支払報告・特別徴収にかかわる給与所得者異動届出書」を提出する必要があります。
但し、1月1日以降退職の場合は原則5月分までを一括徴収しなければなりませんが、退職時の給与が一括徴収する住民税を下回る場合は、普通徴収を選択できます。