従業員から未払い残業代の請求を受け弁護士と協議の末、一定額を損害賠償として支払うことになりました。この賠償金は法人の経費になるのでしょうか。 またこの賠償金は従業員の所得税の計算上どういった取り扱いとなるのでしょうか。

法人税法上では、賞与を支払った場合と同じ扱いとなりますので、賠償金を支払った期の損金となります。
所得税法上も賞与として取り扱われますので、支払われた年の給与所得として所得税の計算を行います。法人としては源泉徴収をする必要がございますので
ご注意ください。
またこの場合の源泉徴収は、原則として給与所得の源泉徴収税額表の乙欄で源泉徴収をすることになります。
ただし、退職後その年中に給与等の支給をする時において、その退職した者がほかの給与等の支払者を経由して給与所得者の扶養控除等申告書を提出していないことが明らかな場合には、
退職後も給与所得者の扶養控除等申告書が引き続き効力を有するものとして、給与所得の源泉徴収税額表の甲欄で源泉徴収して差し支えありません。