従業員から未払い残業代の請求を受け弁護士と協議の末、一定額を損害賠償として支払うことになりました。この賠償金は法人の経費になるのでしょうか。 またこの賠償金は従業員の所得税の計算上どういった取り扱いとなるのでしょうか。

法人税法上では、賞与を支払った場合と同じ扱いとなりますので、賠償金を支払った期の損金となります。
所得税法上も賞与として取り扱われますので、支払われた年の給与所得として所得税の計算を行います。法人としては源泉徴収をする必要がございますので
ご注意ください。