当社は消費税の課税事業者であり、簡易課税制度を選択しております。 来年度は基準期間の売上が5,000万円を超え、簡易課税制度の適用を受けることが出来なくなるかと思いますが再来年度以降の取り扱いはどうなるでしょうか?

簡易課税制度を選択した場合は「簡易課税選択不適用届」を提出しない限り効果は続きます。
従ってその後再び基準期間の課税売上が5,000万円以下となった場合、簡易課税制度の適用を受けることになります。