弊社は発注者からPDFファイルでメールに添付されてくる注文書に対し、注文請書のPDFファイルを同じくメールで送り返すことで受発注の確認を行っています。 この場合の印紙税の取り扱いはどうなるのでしょうか。

注文請書の現物の交付がなされない以上、たとえ注文請書を電磁的記録に変換した媒体を電子メールで送信したとしても
ファクシミリ通信により送信したものと同様に課税文書を作成したことにはならず、印紙税の課税はありません。
メールをプリントアウトした場合であってもコピーした文書と同様のものと認められる為、課税文書として取り扱われません。
ただし、電子メールで送信した後に本注文請書の現物を別途持参するなどの方法により相手方に交付した場合には、課税文書の作成に該当し、現物の注文請書に印紙税が課されます。