年末調整に必要な給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書を紛失してしまいました。この場合どうなりますか。

必要書類が揃わない場合、年末調整で住宅借入金等特別控除をすることができません。
この場合は、給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書の再交付の手続きをしてください。
「年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を提出し再交付してもらった用紙を会社に借入の残高証明とともに提出してください。
年末調整に間に合わない場合は、確定申告となります。