年の途中で個人事業主(青色申告者)として開業予定ですが妻に専従者給与を支払おうと思っています。金額によって不利になることはありますか?

青色事業専従者給与を支給をしてしまうと、配偶者控除の適用は受けることができなくなります。
その年の専従者給与が配偶者控除(38万円、控除対象配偶者が年齢70歳以上の場合には48万円)より少なくなってしまう場合には不利になります。