工場の大型機械が上手く稼働しません。原因はこの工場の地盤不良によるものと判明し、工場の契約を更新しないことにしました。 このため機械の移設をしなければいけませんが、この移設費用は税務上、どのような取り扱いになりますか?

修繕費として損金計上できます。
上記の機械の移設に至った経緯から集中生産やよりよい立地条件での生産のための移設にあたらないと解釈されます。