大学との共同開発製品のために大学に設置された研究機関に研修に行きました。 この研究機関に支払った研修料金の消費税の取り扱いはどうなりますか?

課税取引となります。
一般には単位を取得することとなっているような大学等の授業の聴講ではなく、
教育に関する役務の提供とは認められませんので、課税の対象となります。