協同組合に年会費を支払いました。消費税の取り扱いはどうなりますか。

組合などに支払う会費や組合費などが課税仕入れになるかどうかは、明らかな対価関係があるかどうかによって判定します。
例えば、セミナー会費などは講義を受講するという役務の提供の対価ですから課税仕入れとなり、仕入税額控除の対象になります。
その組合の業務運営に必要な通常会費については、一般的には対価関係がありませんので、課税仕入れとならず、仕入税額控除の対象になりません。
詳しくはコチラ