マイナンバー制度が平成28年から開始されると聞きましたが、実務上、最速でどのような書類からマイナンバーの記載が必要となりますか?

マイナンバーの記載が必要となる法定調書は平成28年1月1日以降に金銭等の支払いが行われたものからになります。
従って、平成28年1月中に退職し、その間少しでも給与の支給が行われた従業員に渡す平成28年分の源泉徴収票からマイナンバーを記載する新様式に変わります。