ふるさと納税のワンストップ特例制度の申請をしましたが医療費控除を受けるため確定申告をすることになりました。 この場合、ふるさと納税に関してはどのようにしたらよろしいのですか。

ワンストップ特例制度の申請をされた方が確定申告を行なった場合、ワンストップ特例制度の申請は無効となります。
確定申告時に寄付金の申告を行わないとふるさと納税による寄付金控除がなかったものとなります。